Сигналы прерываний действуют по уровню и являются асинхронными по отношению к сигналу CLK. В спецификации РСI определены однофункциональные (имеющие одну линию прерывания INTA#) и многофункциональные устройства, которые могут использовать до четырех сигналов запроса прерываний (INTA#, INTB#, INTC# и INTD#). Каждая функция может генерировать не более одного сигнала прерывания. Соответствие номеров прерываний каждому конкретному сигналу определяется содержимым регистра сигналов прерывания (Interrupt Pin register). Спецификация PCI даст возможность разработчику системы произвольным образом комбинировать сигналы прерывания (с помощью «проводного ИЛИ», программного переключения или их комбинаций). При этом любое устройство должно обеспечивать возможность использования линии прерывания в режиме разделения (chaining) с другими логическими устройствами.